La costituzione del Centro per l'antichità e la storia dell'arte del Vicino Oriente venne deliberata dal Consiglio di Amministrazione dell'Istituto per l'Oriente nella seduta del 16 aprile del 1958, su proposta dell'allora presidente Senatore Raffaele Ciasca e di alcuni illustri archeologi e antichisti (Sergio Moscati e Massim Pallottino).
Le modifiche avvenute dopo la seconda guerra mondiale nell'assetto geopolitico del Vicino Oriente e la maggiore incidenza che gli avvenimenti di questa regione andavano assumendo sul piano internazionale da un lato, il maggiore impulso che aveva avuto la ricerca archeologica nell'area vicino-orientale dall'altro, avevano messo in piena evidenza la necessità da parte dell'Istituto di predisporre un programma organico di studio che permettesse di ampliare la già vasta mole di materiali che questo continuava a raccogliere ed elaborare. La costituzione di un centro appositamente creato per la realizzazione di tale programma voleva dunque essere garanzia tanto di una più organica e articolata programmazione della ricerca, quanto di una maggiore fruibilità dei risultati.
Presieduto dallo stesso presidente dell'Ipo e dipendente da esso in termini economici, il Centro godeva tuttavia di un'ampia autonomia circa gestione e programmazione scientifica, essendo retto da un proprio direttore, a cui si affiancava un condirettore, e dotato di un Consiglio scientifico e di un Consiglio direttivo, entrambi autonomi.
Un documento precedente il 1958 a firma del presidente dell'IPO Gabrieli riferisce il programma del centro e gli obiettivi principali: raccolta e sistematizzazione dei dati relativi alla storia, alla politica, all'economia, al diritto, alla religione, alla cultura in generale dei paesi musulmani; realizzazione di schedari e repertori bibliografici dei periodici degli studi orientalistici e delle attività italiane nel Vicino Oriente; inventariazione e pubblicazione dei documenti archivistici italiani concernenti le relazioni dell'Italia con i paesi dell'area del Vicino Oriente; organizzazione di campagne di scavo e di ricognizione nei paesi del Vicino Oriente, con delimitazioni da un lato all'Iran, dove iniziava il campo di attività dell'IsMEO (Istituto italiano per il Medio ed Estremo Oriente fondato nel 1933 da Giovanni Gentile e Giuseppe Tucci allo scopo di promuovere rapporti culturali, politici ed economici tra l'Italia ed i paesi asiatici), e dall'altro lato ai paesi dell'area fenicio-punica, dove operava l'Istituto di studi del Vicino Oriente dell'Università di Roma; impostazione di ricerche generali nell'area, fondate sulle più recenti tecniche di osservazione, dall'antropologia culturale al calcolo economico; pubblicazione sistematica dei materiali raccolti.
Già nel 1959 presero il via una serie di iniziative organizzate dal CASAVO in attuazione delle proposte formulate dal suo Consiglio Scientifico. Nell'agosto di quell'anno, in seguito ad un accordo con Università di Milano relativo ad una missione di scavi e ricognizione in Egitto, il Centro assumeva la compartecipazione della missione in Nubia diretta dal prof. Sergio Donadoni. Veniva poi allestita una missione del prof. Scamuzzi, soprintendente alle Antichità Egizie di Torino, al fine di mettere a punto il catalogo dei repertori delle missioni Schiaparelli conservati al Museo di Torino.
Nello stesso anno, in accordo con il Dipartimento delle antichità dello Stato d'Israele, prese parte agli scavi nella città di Kiriat Gat. Concorrendo alle spese della missione, il Centro aveva ottenuto di parteciparvi con propri studiosi, di collaborare alla pubblicazione dei risultati degli scavi e di ricevere in assegnazione una parte dei rinvenimenti, che sarebbero entrati a far parte del patrimonio dei musei italiani, consentendo lo Stato d'Israele l'esportazioni di proprio materiale archeologico. L'anno successivo fu intrapresa una missione in Turchia. Circa l'attività scientifica, venne da subito iniziata la raccolta di dati concernenti le attività archeologiche italiane nel Vicino Oriente dall'unità in poi. I dati sarebbero confluiti in uno schedario diviso per sezioni (pubblicazioni, studiosi, missioni, località e musei) il cui fine era quello di porre a disposizione degli studiosi, delle missioni  e degli organi della pubblica amministrazione una serie di dati agevolmente consultabili e mai prima raccolti. Venne poi avviato il lavoro preparatorio per la pubblicazione di quello che di lì a poco sarebbe stato «Oriens Antiquus», periodico a larga collaborazione internazionale con oggetto ogni aspetto del mondo orientale antico, con particolare riferimento all'archeologia, all'arte e ai rapporti intercorrenti fra le singole grandi civiltà.
Negli anni successivi le attività del Centro videro un forte sviluppo, essendo questo divenuto la sede di importanti iniziative scientifiche promosse soprattutto con il concorso del Consiglio nazionale delle ricerche. Tra i vari progetti in questi anni viene elaborato quello del Dizionario delle tecniche del Vicino Oriente pre-classico, progetto che intendeva sviluppare in forma organica il settore di ricerca della storia economica e tecnologica del mondo orientale antico. Sempre grazie ai finanziamenti del CNR vennero intraprese le ricerche per la pubblicazione della Storia delle concezioni politiche del Vicino Oriente pre-classico, studio che analizzava il Vicino Oriente globalmente, inteso quale area autonoma ed unitaria di cultura.
Nel 1988, mediante la volontaria secessione dei soci interessati all'antichistica e alla storia dell'arte vicino orientale preclassica, il Centro si staccava dall'Istituto per l'Oriente per ricostituirsi all'interno dell'IsMEO, che ne ereditò l'attività.