Del lungo periodo della Presidenza di Francesco Castro sono conservate lettere che testimoniano, oltre all'attività ordinaria di richiesta di contributi, organizzazione e partecipazione a convegni e incontri, rapporti con singoli studiosi per informazioni e collaborazioni, numerose iniziative per avviare nuove relazioni allo scopo di ottenere finanziamenti per le attività dell'istituto, anche diretti a singole iniziative culturali. Tra queste iniziative, una lettera circolare inviata ai capi di Stato di paesi islamici (1994), diverse proposte del 1995, anche per la creazione di un Istituto superiore di studi islamici, lettere del 1996 per l'ambasciatore saudita in Italia. Un incarto del 1994 testimonia la spedizione di pubblicazioni destinate a istituzioni universitarie tunisine, con l'intermediazione dell'Istituto italiano di cultura a Tunisi. Un secondo del 1995 conserva le convenzioni tra Istituto universitario orientale e IPO per la distribuzione del volume L'Algeria nei documenti dell'Archivio di Stato di Napoli e per l'edizione di una pubblicazione di A. Cilardo.
Un incarto conserva documentazione di attività svolte per il Consiglio italiano per i rifugiati (1993-1996): documentazione di carattere informativo circa i movimenti religiosi e l'apostasia,  due richieste di asilo politico con relativi passaporti, corrispondenza avente per oggetto una richiesta di riconoscimento dello status di rifugiato politico.
Un incarto del 1996 conserva le lettere per l'invio della pubblicazione dell'Istituto Le organizzazioni regionali arabe, africane e islamiche e le numerose lettere di ringraziamento. Ancora del 1996 è un parere dato da Castro sulla istituzione di cattedre convenzionate nelle università italiane. Il progetto di una Scuola superiore di studi islamici viene presentato ancora nel 1997 al Ministero degli esteri e nel 1998 al ministro dell'università e della ricerca scientifica Berlinguer. Del 2001 la relazione circa le attività svolte nel contesto di una convenzione con il Dipartimento affari sociali della Presidenza del Consiglio per la creazione di una banca dati sulle legislazioni dei paesi islamici del Mediterraneo.
Un incarto è relativo ai rapporti con l'Ambasciatore d'Italia in Giordania, che chiede a Castro di predisporre un articolo, da pubblicare in inglese nel supplemento del «Jordan Times» dedicato all'Europa, nel quale evidenziare le attività di ricerca svolte dall'Ipocan, dall'Istituto Orientale di Napoli, dal Dipartimento di Arabistica di Venezia e dall'Ismeo. L'articolo, del quale è presente la versione redatta in italiano, viene pubblicato il 9 maggio 1996 con il titolo A short journey through Arab Italy: A growing dimension of Italian culture and society. Si conservano due copie del periodico.
Un incarto del 1997, con documenti precedenti, conserva la corrispondenza con il Ministero degli esteri relativa alla necessità di rivedere lo statuto in concomitanza con la revisione della Tabella per l'erogazione del contributo statale. Collegata a questa problematica la lettera con cui il presidente comunica ai soci la decisione di convocare un'assemblea straordinaria oltre che ordinaria a luglio 1997.
Si conserva in questo fascicolo un dattiloscritto della monografia "Du front antifasciste et antihitlérien de Tunisie: Le groupment du 'Il Giornale' (1939)", inviata nel 1978 a F. Castro con una lettera di accompagno dall'autore Béchir Tlili, docente presso la Facoltà di lettere e scienze umane dell'Università di Tunisi, con un'annotazione di D. Amaldi "Trovata nel cassetto del prof. Castro" (si tratta probabilmente di una stesura datt. della monografia L'antifascisme en Tunisie, 1939, pubblicata nel 1980).