L'insieme degli Indici è continuo a partire dal 1870. Per gli anni 1870-1873 si conserva la Rubricella generale del protocollo (reg. 368): gli atti descritti sono contraddistinti soltanto da un numero progressivo, non essendo in uso in quegli anni nessun titolario; come si è detto, gli atti cui la Rubricella si riferisce non sono stati trovati: pertanto tale registro costituisce l'unico strumento per conoscere, almeno per grandi linee, l'attività svolta dalla Segreteria nei primi anni dopo l'Unità.
A partire dal 1874, anno in cui fu rinnovata tutta l'organizzazione dell'archivio, gli Indici sono costituiti da rubriche (regg 369-376). Per ciascuna lettera dell'alfabeto esiste un'ulteriore suddivisione alfabetica (A, a-z; B, a-z; ecc.), al fine di fornire un doppio sistema di individuazione di quanto si è registrato: ad esempio, nell'ambito della lettera "F", si troverà alla sottolettera "p" la voce "Fornitura di paglia". Nel caso dei fascicoli nominativi, che sono in assoluto la maggioranza, riguardando il personale e i ricoverati, lettera principale e sottolettera corrispondono rispettivamente al cognome e al nome dell'intestatario della pratica.