L'archivio è stato suddiviso secondo una periodizzazione che rispecchia l'organizzazione delle carte in tre diversi periodi. Tenuto conto che il materiale documentario risulta molto lacunoso per il periodo 1913-1961 e che non sono stati rinvenuti i titolari di classificazione in uso, è stato comunque possibile evincere alcuni criteri generali che hanno caratterizzato la gestione dell'archivio nei diversi periodi:
1913-1959. La documentazione è molto lacunosa a causa delle selezioni operate sul materiale documentario e, probabilmente, anche a causa di dispersioni. Di questo periodo restano raccolte annuali di corrispondenza - dal 1913 al 1924 con lacune - e di delibere provinciali, oltre ad alcune pratiche generali evidentemente non organizzate. Tutte le unità sono prive di segnatura originale. Per quanto riguarda i fascicoli generali era probabilmente in uso un sistema di classificazione basato esclusivamente sulla numerazione progressiva dei fascicoli;
1962-1965. L'esame dei fascicoli ha portato a ritenere che nel 1963 l'archivio dell'Economato sia stato unificato, per un breve periodo, a quello della Direzione. Il sistema di classificazione adottato era basato sull'utilizzo di classi numeriche per l'individuazione degli affari e sull'attribuzione della posizione ai fascicoli attraverso le lettere dell'alfabeto. I fascicoli dell'Economato sembrano complessivamente occupare le classi da 17 a 35, con qualche lacuna all'interno dei vari anni. Sono inoltre presenti fascicoli dell'anno 1962, privi di classificazione, che con ogni probabilità furono utilizzati a partire dal 1963 come precedenti per gli affari ancora in corso;
1966-1978. Nel 1966 l'archivio dell'Economato torna nuovamente a essere distinto da quello della Direzione, probabilmente in conseguenza della scarsa efficienza evidenziata dal sistema di unificazione sperimentato nei tre anni precedenti. La gestione della documentazione viene riorganizzata ex novo secondo un sistema basato sull'adozione delle categorie e delle classi accompagnato dalla numerazione progressiva dei fascicoli. In assenza del titolario di riferimento, le classi possono essere così definite:
categoria I Personale salariato
categoria II Affari generali
categoria III Direzione sanitaria
categoria IV Servizi interni all'Ospedale
categoria V Aziende
categoria VI Utenze e impianti igienico sanitari
categoria VII Forniture
categoria VIII Personale religioso
categoria IX Ricoverati
La categoria II comprende i fascicoli nominativi e gli affari riguardanti il personale impiegatizio.
In quasi tutti i fascicoli del periodo 1966-1978 sono presenti raccolte di documentazione degli anni precedenti, in particolare dal 1963, ma che a volte sono risalenti addirittura agli anni '30.
La corrispondenza si svolge principalmente con i diversi uffici della Provincia e, in particolare, con la Segreteria generale, l'Ufficio assistenza, la Ripartizione patrimonio e provveditorato e l'Ufficio tecnico. La maggior parte della documentazione è rappresentata dai rendiconti mensili, trimestrali e annuali che l'Economato trasmette alla Provincia di Roma relativamente alle produzioni, ai consumi, alle ore lavorative del personale, alle spese sostenute e agli incassi. Fino al 1980 la corrispondenza riguarda anche l'Azienda agricola annessa all'Ospedale che, benché chiusa formalmente alla metà degli anni '60, presenta in seguito problemi legati alla gestione del patrimonio in decadenza.