La corrispondenza prodotta negli anni in cui l'Ospedale è sotto la direzione di Francesco Bonfiglio si è conservata, seppure con delle lacune, quasi per intero. Ripartita in sei categorie e raccolta in unità annuali o biennali si è conservata in ordine. Va rilevato però che con il dopoguerra le modalità di archiviazione e di gestione dei documenti si deteriorano: il timbro di protocollo sulla posta in entrata si fa raro e le carte sono sempre meno dotate delle segnature.
Data la struttura ciclica delle documentazione, anche il contenuto dei fascicoli si ripete per gli stessi tipi di affari.
Categorie:
1. norme generali. Disposizioni dell'Amministrazione provinciale e del direttore relative al funzionamento dell'Ospedale, dati relativi al personale amministrativo, religioso e ai medici.
2. Personale. Tutte le pratiche generali che riguardano gli infermieri, la loro gestione e organizzazione sono classificate sotto questa categoria. Va segnalato però che sia i fascicoli personali, sia i registri delle presenze sono stati collocati a parte (cfr. ASMP, Sezione F, Serie VII-XIX), rispettando così la struttura dell'archivio che ha visto, fin dall'origine, tutti i fascicoli personali di medici e infermieri collocati separatamente rispetto alle pratiche generali e archiviati in ordine cronologico per dimissione.
3. Ricoverati. La categoria relativa ai degenti è quella che raccoglie maggiori notizie su disposizioni in materia di ricoveri, trasferimenti, movimento, rapporti con gli altri manicomi.
I fascicoli intitolati a una località o a un istituto psichiatrico riguardano i trasferimenti di malati da Santa Maria della Pietà a un altro ospedale o a un istituto privato; sono rari i casi di flussi contrari. Da questi fascicoli si evince il ruolo che il Manicomio di Roma aveva di soprintendere a tutto il movimento dei malati psichici di competenza della Provincia di Roma. Importanti anche sono le unità archivistiche su movimento e statistiche dei ricoveri, che il Manicomio è tenuto a fornire - a vario titolo - all'Amministrazione provinciale, alla Prefettura, al Comune di Roma.
Un accenno particolare merita il fascicolo "Ricoverati presunti" contenente le richieste di notizie, da parte di autorità o famiglie, su persone che poi non risultano essere state ricoverate a Santa Maria della Pietà. Si può ipotizzare che per molte di queste persone effettivamente le notizie fornite dal Manicomio fossero giuste, che cioè queste non fossero effettivamente mai entrate a S. Onofrio; resta comunque il dubbio che in qualche caso la risposta negativa potesse essere conseguenza del mancato reperimento, accidentale, della documentazione in realtà esistente.
4. Servizi sanitari. Le carte qui classificate hanno per oggetto, in buona parte, la gestione sia dei diversi medici specialisti esterni cui l'Ospedale ricorreva per provvedere alla salute dei ricoverati, sia del servizio neuropsichiatrico che i medici dell'Ospedale dovevano prestare presso gli ambulatori provinciali ("Dispensari neuropsichiatrici", dal 1952 Centro provinciale d'igiene mentale). Questa categoria raccoglie inoltre i fascicoli relativi all'attività e all'organizzazione dei laboratori scientifici, e al servizio di pronto soccorso che - attraverso il Reparto di chirurgia situato nel padiglione III - l'Ospedale era tenuto a esercitare verso la popolazione civile.
5. Patrimonio. Tutte le carte della categoria sono disperse.
6. Affari diversi. Questa categoria sembra raccogliere tutto quanto non rientra nelle precedenti: soprattutto la gestione pratica del Manicomio. Insieme ai fascicoli "Archivio" e "Biblioteca", troviamo quelli relativi a dopolavoro, protezione antiaerea, nascite di bambini nell'Istituto, furti, elezioni, funzionamento degli uffici della Direzione.
Come già accennato, all'interno di questa serie vi sono alcuni fascicoli prodotti dalla direzione di Augusto Giannelli, predecessore di Francesco Bonfiglio. Essi sono stati evidentemente acquisiti, e integrati nell'archivio, da quest'ultimo per disporre dei precedenti di alcuni affari.
Per l'intera serie della corrispondenza della direzione Bonfiglio non sono stati rinvenuti strumenti di corredo ai fascicoli (repertori, indici, ecc.) eccetto due fogli di cartoncino che elencano le posizioni delle pratiche aperte nel 1944-1945 per la categoria 4, e nel 1946-1947 per la categoria 6.
In generale l'insieme delle carte sembra offrire una traccia piuttosto profonda per quanto riguarda la vita e i problemi che hanno interessato l'Ospedale, e soprattutto chi lo dirigeva, proprio negli anni della guerra e della ricostruzione. La particolarità del periodo è visibile attraverso il crescere e decrescere alterno di alcuni fascicoli con l'incedere del periodo bellico e poi con l'avvio di un periodo di normalità. Così, per esempio, la documentazione che riguarda furti, razionamento, difesa antiaerea e affidamento di ragazzi provenienti dal Brefotrofio aumenta con il precipitare degli eventi e diminuisce soltanto alcuni anni dopo la fine del conflitto; al pari, la quantità di carte relative ai gabinetti scientifici e alla biblioteca si riduce negli anni della guerra. L'intero complesso delle carte rende l'immagine neorealista di una società che vive - in modo particolare tra il 1943 e il 1946 - anni di difficoltà oggettiva nel reperire i mezzi di sostentamento.