A partire dal 1903 si iniziò a pensare ad una nuova collana editoriale e i verbali delle adunanze di giunta testimoniano le fasi di elaborazione di questa scelta editoriale. Nell’adunanza del 28 giugno 1903 il segretario dell’Istituto dava lettura di una proposta di Paul Kehr, direttore dell’Istituto storico Prussiano di Roma, di «registrare tutte le carte anteriori al Mille, e tutti i documenti pubblici, come bolle, diplomi imperiali e reali, vescovili, dei duchi e marchesi, dei delegati imperiali e pontifici &c. fino al Milletrecento», conservati in «tutti gli archivi d’Italia».
L’accordo fu raggiunto grazie alla determinazione del presidente dell’Istituto Pasquale Villari. La nuova collana, ancora oggi attiva, sarà la sede designata per le edizioni di documenti pubblici, datati fino al 1300, e privati, datati fino al 1200, che possano «interessare la storia dell’Italia e della Germania». A indicare la collaborazione tra i due istituti fu apposto sul frontespizio dei volumi il logo con i busti di Muratori e Leibniz.
Nelle successive adunanze di giunta e nella corrispondenza di Ernesto Monaci con i collaboratori, numerose sono le testimonianze relative alle animate discussioni sui criteri editoriali e sul lessico diplomatistico da adottare. Questioni che diedero origine a controversie, in particolare con Luigi Schiaparelli, al quale era stata affidata, insieme a Francesco Baldasseroni, l’edizione del Regesto di Camaldoli.
Nel novembre del 1903, si era giunti ad un accordo fra l’Istituto e l’Istituto storico prussiano, per una «esplorazione dei fondi manoscritti degli archivi e delle biblioteche italiane». Per questa opera di ricognizione furono proposti Luigi Schiaparelli e Pietro Fedele.
Nel 1906, sul numero 28 del «Bullettino dell'Istituto storico italiano», Pasquale Villari pubblicava le norme per l'edizione dei regesti dei documenti editi nella collana.
Il lavoro iniziò dagli archivi toscani con il Regestum Volaterranum edito da Fedor Schneider (che uscì nel 1907 come primo volume della nuova collana), mentre la “parte italiana” iniziava alcuni lavori di indagine sui fondi di Vallombrosa, Passignano e Camaldoli. Per quanto riguarda la modalità di pubblicazione del materiale documentario si scelse il regesto. Sempre nel 1907 fu pubblicato anche il Regesto di Camaldoli curato da Schiaparelli e Baldasseroni.
Negli anni successivi, i volumi pubblicati nella collana “Regesta Chartarum” seguirono la linea dettata da Kehr e da Monaci; 13 furono i volumi pubblicati con la collaborazione dei due istituti. Tuttavia, da un certo momento i Regesta continuarono come pubblicazione solo italiana. Le dimissioni di Pasquale Villari da presidente dell’Istituto storico italiano (1911), la partenza dello Schneider da Roma (1913) e infine la prima guerra mondiale, furono la causa della rottura del sodalizio con l’Istituto Storico Prussiano, che si concluse nel 1919.
La vendita dei "Regesta" fu assegnata alla Ditta Loescher, mentre l’incarico per la stampa di tutte le pubblicazioni dell’Istituto dal 1887 al 1915 venne affidato alla ditta Forzani e C. tipografi del Senato.
La collana "Regesta chartarum" dal 1993 ha assunto la denominazione di "Regesta chartarum Italiae".

«Bullettino dell'Istituto storico italiano», 28 (1906), pp. XXIII-XXIV; I. LORI SANFILIPPO, L’edizione dei documenti medievali a Roma e nel Lazio, passato, presente e futuro, «Annali dell’Istituto storico italo-germanico in Trento», 29 (2002), pp. 289-305; A. OLIVIERI, Il Corpus Chartarum Italiae e i Regesta Chartarum Italiae, in Contributi IV Settimana di studi medievali, (Roma 28-30 maggio 2009), cur. V. DE FRAJA - S. SANSONE, Roma 2012, (Quaderni della Scuola nazionale di studi medievali. Fonti, studi e sussidi, 4), pp. 103-114; M. AZZOLINI, Monaci, Schiaparelli e i Regesta Chartarum Italiae, in Ernesto Monaci e l'Istituto storico italiano, catalogo della mostra (Roma, 31 gennaio-1 marzo 2019), cur. M. AZZOLINI - A. DEJURE, Roma 2019, (Nuovi Studi storici 113), pp. 83-94.