Dal 1886 l’Istituto storico italiano per il medio evo pubblica il Bullettino dell’Istituto storico italiano per il medio evo. La funzione iniziale era quella di dar conto dei lavori della Giunta e della Commissione esecutiva dell’Istituto, nonché degli studi preliminari per le pubblicazioni. Successivamente, nell’Adunanza del 30 maggio 1887, Giosuè Carducci e Ernesto Monaci proposero che l’Istituto pubblicasse nel Bullettino anche memorie, ricerche e documenti relativi ai secoli VI-XV, presentate dai membri dell’Istituto stesso, seguendo l’esempio de l’Histoire littéraire de la France; la proposta venne approvata all’unanimità e il Bullettino assunse la funzione di rivista specializzata in studi storici che ancora oggi conserva.
Il «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo», pur restando nella sostanza immutato, presenta nel corso degli anni numerose varianti nel titolo. Fu inaugurato con il titolo «Bullettino dell'Istituto storico italiano», venne fuso nel 1922 con l'«Archivio muratoriano» - che l'Istituto aveva pubblicato tra il 1903 e il 1914 - in un'unica rivista intitolata «Bullettino dell'Istituto storico italiano e Archivio muratoriano». Nel 1934, contestualmente al cambio di nome dell'ente, la rivista divenne «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo e Archivio muratoriano»; con il numero 100 (1995-1996) è stato ripristinato il titolo originario «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo».
Nel 1997, con un numero speciale, il 100, ha acquistato la testata attuale, senza soluzione di continuità nella numerazione dei volumi.