Il progetto di ampliare i Rerum Italicarum Scriptores di Ludovico Antonio Muratori era emerso per la prima volta durante i lavori del congresso delle deputazioni e società di storia patria tenutosi a Napoli del 1879. In quell’occasione fu approvata una proposta che prevedeva il miglioramento dell’opera muratoriana secondo le nuove metodologie storiografiche. Nel successivo Congresso svoltosi a Milano nel 1880 si prese atto del fatto che nulla era stato fatto per il prosieguo del progetto muratoriano.
Nel 1883 veniva fondato l’Istituto storico italiano, con lo scopo di pubblicare le fonti e due anni dopo Cesare Correnti, allora presidente, inviava un comunicato ai presidenti delle deputazioni e società, con il quale si annunciava che si sarebbe cominciata «la nuova edizione degli Scriptores historiae patriae, ossia dei Rerum Italicarum». I destinatari erano invitati a pronunciarsi su una serie di questioni: quali aggiunte andavano apportate all’opera muratoriana, quali fonti già edite da Muratori andavano ripubblicate e a quale edizione intendevano collaborare.
A partire dal 1900 grazie all’impresa editoriale di Scipione Lapi e all'iniziativa promossa da Giosué Carducci e Vittorio Fiorini, vide la luce la nuova edizione dei Rerum Italicarum Scriptores. Questa, fin da subito, fu avvertita come una “rivalità editoriale” con la collana che l’Istituto andava pubblicando: le “Fonti per la storia d’Italia”.
Morti nel 1907 il Carducci e nel 1925 il Fiorini, il Regio decreto-legge n. 72 del 7 gennaio 1926 affidava all’Istituto il compito di curare la continuazione dell’edizione, già diretta da Carducci e Fiorini. Il decreto faceva seguito alla stipulazione di una convenzione del 1923, fra l’Istituto e Fiorini, di cui era stato artefice Pietro Fedele, con la quale il Fiorini si impegnava a non pubblicare nei RIS² tutto ciò che non era contenuto nei RIS veri e propri, mentre l’Istituto si impegnava a non pubblicare nella collana “Fonti per la storia d’Italia” i testi inclusi nei RIS muratoriani; inoltre la nuova edizione dei RIS, pur rimanendo affidata alla direzione di Fiorini (che sarebbe morto due anni dopo), sarebbe apparsa sotto gli auspici dell’Istituto stesso.
La convenzione del ’23 e il decreto del ’26 non risolsero tutte le questioni legate all’iniziativa editoriale dei RIS, tra le quali anche quella legata al marchio dei RIS², che dal 1917 era passato alla casa editrice Zanichelli. L’annosa questione si è risolta grazie ad una accordo raggiunto con la casa editrice durante il periodo della presidenza di Girolamo Arnaldi.
Dal 1993 i "Rerum Italicarum Scriptores. Terza serie" sono diventati una sezione della collana "Fonti per la storia dell'Italia medievale".