Il 25 novembre 1883 veniva fondato a Roma l'Istituto storico italiano con lo scopo di «dare maggiore svolgimento, unità e sistema alla pubblicazione de' fonti di storia nazionale e di promuovere segnatamente quei lavori preparatori che, per essere di interesse generale, eccedono i limiti, gli intenti, nonché i mezzi delle deputazioni e delle società storiche regionali».
Il 27 gennaio 1885, nella prima adunanza plenaria dell’Istituto storico italiano, veniva eletta la giunta esecutiva, costituita da Marco Tabarrini, Ruggero Bonghi ed Ernesto Monaci e affiancata da una commissione composta da Michele Amari, Fedele Lampertico e Bartolomeo Capasso, il cui compito era quello di studiare e di proporre, in collaborazione con la stessa giunta, uno schema dei programmi per i lavori dell’Istituto.
Due anni dopo la fondazione, il 22 ottobre 1885, fu inviata una circolare a tutte le società e deputazioni di storia patria, nella quale veniva loro chiesto quali fossero le opere che intendevano pubblicare – in modo che si potesse avere un’idea chiara sulle possibili edizioni – che avrebbero dovuto essere vagliate dalla giunta dell’Istituto storico, per decidere quali fonti fossero da pubblicare per prime dall’Istituto stesso. Le risultanze di questa indagine furono esposte nella relazione della giunta esecutiva letta pochi mesi più tardi, nell'adunanza plenaria del 4 aprile 1886. Nel testo della circolare si indicavano i contenuti tipologici delle fonti, ripartite sul modello tedesco in quattro sezioni (scrittori, documenti, leggi, antichità), si precisava che di ogni sezione si sarebbe presa cura una commissione, che tutte le sezioni avrebbero avuto lo stesso formato e che ogni volume sarebbe stato costituito oltre che dal testo, da prefazione, note esplicative, glossario e facsimile dei manoscritti [«Bullettino dell'Istituto storico italiano», 1 (1886)].
Con la collana delle Fonti – insieme ai volumi del Bullettino – si poneva in essere la finalità primaria dell’Istituto. Il primo volume della collana vide la luce nel 1887, con l'edizione dei Gesta di Federico I in Italia in versi latini da anonimo contemporaneo (sec. XII), curata da Ernesto Monaci.
Nel 1993 la collana ha assunto la denominazione di "Fonti per la storia dell'Italia medievale" e consta di cinque sezioni: "Antiquitates", "Rerum Italicarum Scriptores, ser. III", "Regesta chartarum", "Subsidia" e "Storici italiani dal Cinquecento al Millecinquecento ad uso delle scuole".

«Bullettino dell'Istituto storico italiano», 1 (1886); M. MIGLIO; Dall'unificazione alla fondazione dell'Istituto storico italiano, in La storia della storia patria. Società, Deputazioni e Istituti storici nazionali nella costruzione dell'Italia, cur. A. BISTARELLI, Roma 2012, pp. 25-44; G.M. VARANINI, L'Istituto storico italiano tra Ottocento e Novecento. Cronache 1885-1913, ibid., pp. 59-102; M. MIGLIO, Istituto storico italiano. 130 anni di storie, cur. F. DELLE DONNE – G. FRANCESCONI, Roma 2013, (Quaderni della Scuola nazionale di studi medievali, 5), p. 19; M. MIGLIO, Qualche nota sulle prime pubblicazioni dell'Istituto storico italiano (1883-1935) e sulle iniziative per l'edizione di fonti dall'Archivio Segreto Vaticano, in Incorrupta monumenta ecclesiam defendunt. Studi offerti a mons. Sergio Pagano prefetto dell'Archivio Segreto Vaticano, II Archivi, Archivistica, Diplomatica, Paleografia, cur. A. GOTTSMANN - P. PIATTI - A. E. REHBERG, Città del Vaticano 2018, pp. 599-604; A. DEJURE, Monaci e i collaboratori delle fonti, in Ernesto Monaci e l'Istituto storico italiano, catalogo della mostra (Roma, 31 gennaio- 1 marzo 2019), cur. M. AZZOLINI - A. DEJURE, Roma 2019, (Nuovi Studi storici, 113), pp. 53-72.