La genesi dell'Iniziativa Centro Europea risiede nella riunione, svoltasi nel novembre 1989, dei vice primi ministri e dei ministri degli esteri di Italia, Austria, Jugoslavia e Ungheria, dalla quale nacque l'Iniziativa Quadrangolare, che divenne in seguito Pentagonale con l'adesione della Cecoslovacchia nel maggio 1990 e poi Esagonale attraverso l'ingresso della Polonia nel luglio 1991.
Nella riunione ministeriale del 30 novembre 1991si decise la sospensione della Federazione jugoslava a causa del conflitto interno a quel paese.
Nel luglio 1992, nel Vertice dei Capi di governo tenutosi a Vienna si stabilì di denominare il gruppo Iniziativa Centro-Europea, nella quale fecero ingresso la Bosnia-Erzegovina, la Croazia, la Slovenia e poi la Repubblica Ceca e la Slovacchia dopo la scissione della Cecoslovacchia. Nel 1993, al Vertice dei Capi di governo di Budapest, venne ammessa la Macedonia, dopo il suo riconoscimento da parte dell'Onu