Le spese della Società nel periodo ottocentesco riguardano principalmente la stampa e la distribuzione delle "Memorie", le pensioni dei soci e il conio delle medaglie. In seguito si aggiungono altre voci di spesa: tassa sulla manomorta, spese bancarie, utenze, ecc..
Le entrate derivano principalmente dai contributi governativi, dalla vendita delle "Memorie" e dal rendimento del capitale investito.
Nella prima metà dell'Ottocento è distinta la contabilità della Società in Milano, affidata agli amministratori Paolo Brambilla e Giovanni Velandini. Oltre alla gestione dei capitali investiti in Milano, gli amministratori sono incaricati della distribuzione delle pensioni ai soci pensionari residenti nel Regno lombardo-veneto e della distribuzione delle "Memorie".
Nella seconda metà dell'Ottocento è presente una contabilità separata per le spese sostenute in Napoli per conto della Società dal presidente Arcangelo Scacchi.