Il Commissariato centrale è l'organo esecutivo dell'associazione: dirige e governa tutto il movimento secondo lo statuto e le direttive dell'Asci. La composizione varia negli anni. Inizialmente (1945) era composto dal capo dell'associazione, dall'assistente ecclesiastico centrale, da non meno di otto e non più di dodici membri nominati o confermati ogni due anni dal capo dell'associazione udito il parere dell'assistente ecclesiastico centrale, da un membro nominato dalla Presidenza centrale della gioventù maschile di Azione cattolica; già con le norme direttive del 1949 i membri del Commissariato centrale vengono nominati o confermati ogni due anni dal Consiglio generale, il capo dell'associazione e il membro di nomina dell'Azione cattolica escono dalla composizione dell'organo, mentre vengono previsti dei commissari centrali d'onore nominati a vita. Con lo statuto del 1957 al capo scout spetta la nomina di tre dei dodici membri non di diritto del Commissariato centrale, mentre i restanti nove sono eletti dal Consiglio generale; inoltre, entrano nella composizione dell'organo i vice assistenti ecclesiastici centrali e il presidente del Masci, quest'ultimo con solo voto consultivo. Le norme direttive del 1970 riducono a sette i membri elettivi del Commissariato centrale, uno nominato dal capo scout e sei eletti dal Consiglio generale. I componenti del Commissariato centrale nominano in seno allo stesso un presidente, e si ripartiscono fra loro la direzione e la responsabilità delle singole attività. I commissari centrali riferiscono periodicamente al Commissariato centrale sull'andamento del settore di loro competenza.