L'Istituto ha lo «scopo di dare maggiore svolgimento, unità e sistema alla pubblicazione de' fonti di storia nazionale, e di promuovere segnatamente quei lavori preparatori, che, per essere di interesse generale, eccedono i limiti, non che i mezzi, delle Deputazioni e delle Società storiche regionali», come previsto dall'art. 1 del decreto istitutivo (R.D. 1775 del 25 novembre 1883). In adempimento allo scopo istituzionale, l'Istituto pubblica il «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo» (già «Bullettino dell'Istituto storico italiano» dal 1886 al 1921 pubblicato parallelamente all'«Archivio muratoriano», «Bullettino dell'Istituto storico italiano e Archivio muratoriano» dal 1923 al 1933, «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo e Archivio muratoriano» dal 1934 al 1994), la collana: "Fonti per la storia d'Italia", 118 volumi pubblicati dal 1887 al 1993, data in cui la collana ha assunto la denominazione di "Fonti per la storia dell'Italia medievale" e da allora suddivisa in 5 sottocollane: "Antiquitates", "Rerum italicarum scriptores s. III", "Regesta chartarum", "Subsidia" e "Storici italiani dal Cinquecento al Millecinquecento ad uso delle scuole"; dal 1923 la nuova edizione dei "Rerum italicarum scriptores", inaugurata nel 1900 da Vittorio Fiorini e Giosué Carducci; la collana "Studi storici", 60 volumi pubblicati tra il 1953 e il 1988 e in quell'anno rinominata "Nuovi studi storici".
Oltre alle collane, l'Istituto ha pubblicato anche il Repertorium fontium historiae medii aevi, un progetto editoriale promosso per la realizzazione di un repertorio alfabetico di fonti per la storia medievale e la Guida storica e bibliografica degli archivi e delle biblioteche d'Italia, pubblicata in otto volumi tra il 1932 e il 1940.

serie 1: Carteggio generale
serie 2: Carte di Ernesto Monaci;
serie 3: Corrispondenza di Ignazio Giorgi;
serie 4: Corrispondenza con le tipografie e le case editrici;
serie 5: Bullettino dell'Istituto storico italiano per il medio evo;
serie 6: Fonti per la storia d'Italia;
serie 7: Fonti per la storia dell'Italia medievale;
serie 8: Rerum italicarum scriptores;
serie 9: Studi storici;
serie 10: Nuovi studi storici;
serie 11: Repertorium fontium historiae medii aevi;
serie 12: Guida delle biblioteche e degli archivi d'Italia;
serie 13: Progetti di edizione incompiuti non realizzati;
serie 14: Recensioni;
serie 15: Istituto di statistica;
serie 16: Studi, trascrizioni di documenti e materiale di lavoro;
serie 17: Materiale fotografico e riproduzioni di documenti.